单细胞表达分析仪\系统

单细胞表达分析仪\系统

BD Rhapsody单细胞表达分析仪,免疫靶向检测

BD开发的Rhapsody^TM 单细胞分析系统与传统的全转录组测序分析（WTA）相比，可以同时处理12个样本，极大程度节省了实验时间和成本。并且可以区分异质细胞，没有传统方法取单细胞混合样本平均值的劣势。除了需要上illumina系统进行测序之外，全转录组分析的细胞处理，RNA提取纯化和文库制备等步骤，Rhapsody^TM 单细胞分析系统都能完成。

数千个单细胞数百个基因的平行分析

单细胞 RNAseq 正在改变我们对细胞的理解。BDRhapsody™单细胞分析系统基于 BD 在细胞生物学领域 40年的专业技术，满足您的实验需求，在单细胞水平理解细胞形态和功能。

这种全新的分析系统克服了传统检测的局限性，例如微阵列和大量细胞 RNAseq，这些检测通过实现对各个细胞之间的微妙差异的观察，依赖于对多个细胞的平均检测。用户可以鉴定和表征新型和罕见细胞类型，其进一步帮助理解从免疫学到肿瘤学等多个领域内的生物学过程。

BD Rhapsody单细胞分析系统能够对成千上万个单细胞的数百个表达基因进行数字定量，提供足够灵活的定制测定法以满足任何实验需要，其有效系统可缩短实验时间和降低测序成本。

产品特点

捕获并分离细胞，通过磁珠对细胞和mRNA转录本进行分类

The BD Rhapsody cartridge enables single-cell capture and indexing of cells and mRNA transcripts on magnetic beads.

分子标签可以克服PCR偏差

Patented technology assigns unique cell and molecular indices to generate more accurate transcript quantification.

可以定制靶向组合（panel）

Characterize novel and rare cell types using custom or predesigned targeted gene panels.

提供数据分析工具

The BD Rhapsody system provides all the tools needed to analyze, visualize and understand your data.

BD Rhapsody系统主要应用的靶向基因检测试剂盒（panel）

靶向方法有助于提高单细胞测序效率，并推动对当今一些挑战性的科学领域的进一步探索。BD经验证的检测试剂盒（panel）显示稳定且可重现的细胞异质性阵列，可用于探索与众多应用相关的细胞类型。BD Rhapsody 系统包括以下检测试剂盒（panel）：

□ BD Rhapsody Onco-BC 靶向检测试剂盒（panel） – 与乳腺癌和免疫细胞相关的 400 个基因

□ BD Rhapsody 免疫反应检测试剂盒（panel） – 免疫细胞类型谱分析

□ BD Rhapsody  T-细胞靶向检测试剂盒（panel）

□ BD Rhapsody 补充检测试剂盒（panel）

□ BD Rhapsody 自定义检测试剂盒（panel）

更有效的测序可以更低的成本实现更高的通量

由于与高通量实验方法相关的测序成本，单细胞实验往往非常昂贵。BD Rhapsody 单细胞分析系统设计有多个功能，可以更有效地利用测序来降低实验成本。

靶向测定 - 由于检测灵敏度的提高，特定的基因组合方法可使用少量的时间和成本，帮助产生类似于全转录组分析（Whole Transcriptome Analysis，WTA）测定的结果。这种方法还提高了 UMI 计数效率，从而极大程度的节省了实验时间和成本。

储存 - 从样本中得到的完整 cDNA 可在磁珠上稳定存储，允许将珍贵样本保存长达 16 周。这可使用户在时间允许的情况下灵活地对样本进行测序，并通过对储存的磁珠池进行等分或分样来实现同一样本的多个测定。

分样 - 在磁珠上储存的 cDNA可以分成一个或多个等分试样，并使用定制或预先设计的组合（panel）进行扩增。通过提供对部分样本进行测序的选项和对样本不同组合（panel）进行测试的灵活性，分样可降低成本。

干细胞-：

系统组件

□ BD Rhapsody 扫描仪

□ BD Rhapsody 上样台

□ BD Rhapsody 卡式芯片

□ 分子标签试剂和文库制备

□ 特定应用的靶向检测试剂盒（panel）

□ 生物信息学工具

BD Rhapsody系统工作流程：单细胞端到端分析

1. 单细胞分离并捕获mRNA。

2. cDNA合成，UMI标记转录本。

3. cDNA扩增，制备文库

4. Illumina测序仪测序

5. 数据分析。

单细胞分离和mRNA标记流程

1.在微孔中，一个细胞与一个条码标记磁珠匹配

2.裂解细胞将 mRNA与磁珠上条码标记的捕获寡核苷酸杂交

3.磁珠回收

4.cDNA 合成

5.测序和构建单细胞基因表达谱

组件

扫描仪和上样台

扫描仪扫描每个cartridge，它的微孔内含细胞和磁珠。包括活细胞或死细胞，微孔含单细胞或成对细胞。

上样台：简单、实惠、便携；适合放置组织培养物。

单细胞单基因索引

同时标记细胞和mRNA

当对序列读取进行计数时，PCR 扩增偏差可导致基因定量不准确。BD 的分子标签（UMI）技术为单个细胞的单个基因分配了*的分子索引，也称为“分子条形码"。实验者可借此克服扩增偏差，更准确地计算转录水平。

从左到右依次为

磁珠

Univ：Universal Illumina adapter sequence。通用illumina接头序列。

CL：Cell specific sequence细胞特异序列。同磁珠上的寡核苷酸相同。大约有88.5万种细胞标记。

UMI：Unique molecular index。每个mRNA分子有相同标签。UMIs种类：约6.6万。数字定量mRNAs，并且克服PCR扩增偏差。

Poly-dT：mRNA尾连接。

数据自动分析

Complete analysis pipeline 分析通道

Provide visualization tool 可视化工具

Minimal bioinformatics  knowledge required 信息学知识要求低

Output data compatible with variety of secondary analysis tools输出数据与多种二级分析工具兼容

Data processing transparency 数据处理过程透明

Local and cloud based 本地和云端数据

installation options 可选安装

灵活选择Panel

已有panel：~400 targets selected and wet lab validated

乳癌 人T细胞表达 免疫反应panels（人和鼠）

补充panel：按需增加100个额外targets

Customize pre-designed or  custom base panels with  additional targets

Enhance coverage or correct  issues easily and cost  effectively

Expand panels and explore  unexpected targets iteratively,  based on experimental results

定制基础panel ：~100 – 500 targets per panel  selected by users or with help  from BDG

Easy to use web tool for  target selection and primer  design for in silico verification Human and Mouse

BD Rhapsody 免疫反应检测试剂盒（panel） – 免疫细胞类型谱分析

BD Rhapsody™ Immune Response Targeted Panel (Human)

Targeted human immune gene panel for the BD Rhapsody Single-Cell Analysis System

•经过验证的靶向检测panel，专注于与人类免疫细胞表型相关的基因

•与3'全转录组测序方法相比，靶向测序方法需要的reads少很多

•可重复的分析方法适合多种应用

人体免疫系统是一种复杂的器官和细胞类型的防御网络，能够抵抗病原体，环境抗原和癌症。 免疫应答包括多种细胞相互间的复杂作用。 这些细胞参与外来病原体或细胞的监视和识别，炎症信号的分泌和募集，特定的适应性免疫细胞的协调和扩增以及用于免疫记忆和抗体产生的适应性细胞的成熟。了解这些过程如何正常发挥功能和调节异常是理解诸如炎症，感染和癌症等疾病的基础。

• Validated panel focuses on genes relevant to phenotyping human immune cells

• Targeted sequencing approach requires dramatically fewer reads than a 3’ whole transcriptome sequencing approach

• Reproducible assay empowers numerous applications

The human immune system is an intricate defense network of organs and cell types that protect against pathogens,environmental antigens and cancer. The immune response consists of complex interactions among several cell types. These cells are involved in surveillance and recognition of foreign pathogens or cells, secretion and recruitment of inflammatory signals, coordination and expansion of specific adaptive immune cells, and maturation of adaptive cells for immune memory and antibody production. Understanding how these processes function normally and in instances of dysregulation are fundamental to understanding such diseases as inflammation, infection and cancer.

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